Minister Infrastruktury wraz z podlegającą mu GDDKiA nie wykorzystali wszystkich możliwości egzekwowania od koncesjonariuszy ciążących na nich obowiązków, wynikających z umów koncesyjnych i powszechnie obowiązujących przepisów. Mimo przeprowadzania kontroli, GDDKiA nie miała pełnej wiedzy na temat sposobu wykonywania przez koncesjonariuszy obowiązków wynikających z umów. Kontrolerzy GDDKiA nie dokonywali bowiem (z wyjątkiem trzech przypadków) pomiarów całkowitego czasu oczekiwania pojazdów w punktach poboru opłat, stanowiącego wyznacznik standardu obsługi klientów, a także w ograniczonym zakresie przeprowadzali kontrole stanu zimowego utrzymania dróg.

W 1993 r. rząd polski opracował Program Budowy Autostrad, którego jednym z założeń była budowa kluczowych dróg z wykorzystaniem kapitału prywatnego. Efektem realizacji tego programu było zawarcie z prywatnymi inwestorami czterech umów koncesyjnych dotyczących czterech odcinków autostrad:

w 1997 roku:

• ze spółką Stalexport Autostrada Małopolska S.A. na budowę przez przystosowanie autostrady A4 na odcinku Katowice - Kraków do wymogów autostrady płatnej oraz eksploatację autostrady na tym odcinku;
• ze spółką Autostrada Wielkopolska S.A. na budowę i eksploatację autostrady płatnej A2 na odcinkach Konin - Nowy Tomyśl i Świecko - Nowy Tomyśl (z koncesji tej wyłączono do osobnej umowy odcinek Świecko - Nowy Tomyśl),

w 2008 roku:

• ze spółką Autostrada Wielkopolska II S.A. na budowę i eksploatację odcinka II autostrady płatnej A2 Świecko - Nowy Tomyśl;
• ze spółką Gdańsk Transport Company S.A. na budowę i eksploatację autostrady A1 Gdańsk - Toruń tzw. „AmberOne”.

Zawarcie umów (wraz z aneksami) na przestrzeni szesnastu lat (1997-2013), w różnych uwarunkowaniach ekonomicznych, prawnych i organizacyjnych spowodował, że umowy te różnią się od siebie. Różnice polegają m.in. na przyjętych metodach rozliczeń pomiędzy stroną publiczną a koncesjonariuszami, wysokości oraz sposobie ustalania opłat pobieranych od użytkowników, a także podziale przychodów z opłat pomiędzy koncesjonariuszy i Skarb Państwa, co pozwala podzielić umowy koncesyjne na dwie zasadnicze kategorie:

• I kat. - obejmującą dwie chronologicznie starsze umowy koncesyjne, dotyczące odcinków autostrady A2 Nowy Tomyśl - Konin oraz autostrady A4 Kraków -  Katowice, wg których wysokość stawek ustalał koncesjonariusz i zatrzymuje dla siebie środki uzyskane z opłat (w żadnym z tych przypadków nie została przekroczona maksymalna wysokość opłat przewidziana w umowach).

• II kat. - obejmującą dwie nowsze umowy koncesyjne, dotyczące odcinków autostrady A2 Świecko - Nowy Tomyśl oraz autostrady A1 Gdańsk - Toruń, zgodnie z którymi wysokość opłat ustalała strona publiczna. Koncesjonariusz odprowadza środki uzyskane z opłat do Krajowego Funduszu Drogowego, a wynagrodzenie za udostępnienie autostrady otrzymuje z budżetu państwa.

Ustalane przez koncesjonariuszy stawki opłat za przejechanie 1 km autostrady, są znacznie wyższe, niż te ustalone przez stronę publiczną. Porównując wysokość opłat za przejazd koncesyjnymi odcinkami autostrad, należy mieć na uwadze, że na tych odcinkach, na których stawki opłat ustalała strona publiczna, wynagrodzenie koncesjonariusza za udostępnienie autostrady wypłacane jest z budżetu państwa, a opłaty pokrywają jedynie część kosztów utrzymania.

Równocześnie z kształtowaniem się systemu koncesyjnego rozwijał się, adekwatny do niego system zapewnienia zgodności działań spółek budujących i eksploatujących odcinki autostrad z postanowieniami umów koncesyjnych. Podstawowym instrumentem pozwalającym organom państwa egzekwować od koncesjonariuszy obowiązki określone w umowach, jest prawo do przeprowadzania kontroli koncesjonariusza przez reprezentanta strony publicznej. Ponadto, umowy zobowiązują koncesjonariuszy m.in. do prowadzenia stosownej sprawozdawczości oraz posiadania ubezpieczenia od odpowiedzialności cywilnej za skutki naruszenia swoich obowiązków. W ocenie NIK, zarówno Minister Infrastruktury, jak i Generalny Dyrektor Dróg Krajowych i Autostrad podejmowali działania w celu ochrony interesów Skarbu Państwa i użytkowników koncesyjnych odcinków autostrad płatnych, jednak działania te nie były w pełni skuteczne. Podmioty te nie wykorzystywały bowiem wszystkich możliwości egzekwowania od koncesjonariuszy ciążących na nich obowiązków.

Mimo przeprowadzania kontroli u koncesjonariuszy, GDDKiA nie miała pełnej wiedzy na temat sposobu wykonywania przez koncesjonariuszy obowiązków wynikających z umów. Kontrolerzy GDDKiA nie dokonywali bowiem (z wyjątkiem trzech przypadków) pomiarów całkowitego czasu oczekiwania pojazdów w punktach poboru opłat, stanowiącego wyznacznik standardu obsługi klientów, a także w ograniczonym zakresie przeprowadzali kontrole stanu zimowego utrzymania dróg. Ponadto, w procesie planowania kontroli GDDKiA nie wykorzystywała posiadanych przez siebie materiałów analitycznych, które pozwoliłyby na bardziej efektywne planowanie i prowadzenie kontroli oraz lepszą identyfikację obszarów ryzyka nieprzestrzegania umów koncesyjnych.